Le 4 novembre 1938, il quitte précipitamment Toulon en raison des prémices de la guerre en compagnie de l’Espoir, sous-marin du même type, pour rejoindre l’Indochine afin d’y protéger les intérêts français face aux prétentions agressives japonaises, mais sans avoir pu remplacer ses batteries défaillantes.Ils y arrivent le 16 décembre et y effectuent par la suite diverses missions.Le 15 juin , jour du drame, ils procèdent à des exercices d’entraînement en attaquant le navire amiral
La Motte-Picquet au large de Cam Ranh. Ils plongent vers 10 h du matin et l’Espoir refait surface après avoir lancer 2 torpilles. Le temps s’écoule et le Phénix ne réapparaît pas. L’inquiétude grandit. En fin de journée, une tache de gazole est repérée à la surface. Le lendemain matin, l’épave du sous-marin est repérée visuellement par un hydravion avion Loire 130, et localisée à une dizaine de nautiques à l’ouest de la pointe de Cam Ranh, une extrémité apparaissant à une quarantaine de mètres sous la surface et l’autre reposant sur le fond à 105 mètres. Des bulles s’en échappaient et le sous-marin s’enfonçait lentement. Les opérations de sauvetage commencées le 22 juin échouèrent malgré le concours du navire de sauvetage américain USS PIGEON. Le 5 juillet, une cérémonie d’adieu et d’hommages aux victimes a lieu sur les lieux du naufrage. En France, l’émotion est extrême : « la Marine est en deuil, la France est en deuil » déclare le Président du Conseil Édouard Daladier . Une messe solennelle est officiée en la cathédrale Notre Dame de Paris le 17 juillet en présence du Président de la République Albert Lebrun. Quelques mois plus tard, la guerre éclate et le drame du Phénix tombe dans l’oubli.
La cause du naufrage n’a pu être éclaircie, mais probablement due à l’état défectueux de ses batteries .
Ainsi disparaissait le Phénix et ses 71 membres d’équipage. Leurs noms sont gravés sur les stèles du Monument National des Sous-Mariniers à Toulon .
Le 15 juin dernier a marqué le 80 éme anniversaire de cette disparition tragique, les anciens sous-mariniers des Pays de Loire section Emeraude, et les marins de l’Acoram section Nantes-Vendée ont commémoré leur sacrifice et entretenu le souvenir du Phénix, partie intégrante du patrimoine nantais.